三木SEO-科学家研究实现单细胞转录组的空间映射

科学家研究实现单细胞转录组的空间映照

日期：2022-04-07 来历：本站 供稿：医药生物技能处 作者：治理员 种别：译文

单细胞RNA测序要领可以剖析单细胞的转录组表达，但不克不及生存空间信息。相反，空间转录组学可以检测剖析构造切片中的空间区域，但不具有单细胞分辩率。美国德克萨斯年夜学研究团队提出一种计较要领，展现构造中单细胞转录组的空间成果。该研究近日发表于《Nature Biotechn三木SEO-ology》上，题为：Spatialcharting of single-cell transcriptomes in tissues。 研究职员开发了一个名为细胞跋涉（CellTrek）的计较要领。这类要领联合了单细胞RNA测序及空间转录组学两个数据集，经由过程共嵌入及器量进修要领实现单细胞的空间映照。研究职员利用模仿及原位杂交数据对于细胞跋涉举行了基准测试，证实了其正确性及不变性。然后他们将细胞跋涉运用在现有的小鼠年夜脑及肾脏数据集，发明细胞跋涉可以检测到差别细胞类型及细胞状况。研究职员进一步对于两个乳腺导管原位癌构造举行了单细胞RNA测序及空间转录组学试验，并将这些数据运用在细胞跋涉，成果注解细胞跋涉可以辨认差别导管的肿瘤亚克隆细胞类型，以和临近肿瘤区域的特定T细胞状况。 综上所述，细胞跋涉可以正确地绘制差别构造类型中的单细胞，并以此解决其空间构造问题。细胞跋涉也能够将单细胞映照到它们于构造中的空间坐标。 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1 注：此研究结果摘自《NatureBiotechnology》杂志，文章内容不代表本网站不雅点及态度，仅供参考。-三木SEO-